Uno de los riesgos sanitarios más frecuentes en los establecimientos alimentarios es la presencia de las indeseadas plagas. Por ello es obligatorio contratar un servicio de control de plagas. Las empresas de control de plagas deben estar registradas en el ROESP (registro oficial de establecimientos y servicios plaguicidas).

Las principales plagas que afectan los establecimientos alimentarios son originadas por:

Artrópodos 
Las plagas de artrópodos más habituales están constituidas por las arañas e insectos tales como hormigas y cucarachas. En el sector de la restauración el artrópodo más común y preponderante es la cucaracha.

Múridos
Las ratas y los ratones son animales pertenecientes a la clase de los múridos. Al igual que las cucarachas, contaminan los alimentos directamente o a través de sus deyecciones.